Seiring waktu. Santri yang berdatangan menimba ilmu semakin banyak dan beragam latar belakangnya. Kenyataan tersebut mendorong pondok Pesantren Salafiyah Asshomadiyah beberapa kali melakukan perubahan kebijakan yang berkaitan dengan proses pembelajaran.
Sebagaimana pesantren-pesantren pada zaman pendiriannya, sistem pengajaran awal yang digunakan adalah metode sorogan (santri membaca sendiri materi pelajaran kitab kuning di hadapan guru), serta metode weton atau bandongan (kyai membaca kitab dan santri memberi makna).
Semua santri menerima bentuk pengajaran yang sama tidak ada pembedaan jenjang kelas. Kenaikan kelas bagi para santri dinyatakan dengan bergantinya kitab yang khatam (selesai). Kitab yang dikajipun khusus berkaitan dengan pengetahuan Agama, Ilmu Syari’at dan ilmu bahasa.
Pembaharuan demi pembaharuan dilakukan, yaitu dengan dimasukkannya pelajaran umum ke dalam struktur kurikulum pengajaran.
Sampai saat ini, system pembelajaran di pondok pesantren Asshomadiyah sudah memadukan antara sisitem klasik dan modern
Pendidikan Formal
- Play Group
- TK Alqur’an
- SDIT
- SMP
- SMA
- Ibtidaiyah
- Tsanawiyah
- Aliyah
Pendidikan Non Formal
- Tahfidzul Qur’an (TQ)
- Majelis Taklim
- Khotmil Qur’an
- Pondok Pesantren
- Madrasah I’Dadiyah (MI’DAD/SP)
Jenjang pendidikan ini ditempuh selama 2 tahun (regular/kelas 1 dan 2) yang diasuh oleh para ustadz/alumni yang sudah berpengalaman, dikhususkan kepada santri/pelajar putri yang telah lulus SD namun karena belum memenuhi syarat untuk masuk ke jenjang MTs Asshomadiyah.
Materi pelajaran yang diberikan pada jenjang MI’DAD/SP ini bersifat sangat dasar dari ilmu-ilmu keislaman (Pesantren) dengan titik tekan para santri bisa membaca, menulis, dan menterjemah materi-materi instrumen dasar ilmu keislaman dengan baik dan benar sesuai dengan gramatika bahasa Arab. Pada tahun terakhir, yakni kelas 2, semua santri wajib mengikuti ujian akhir madrasah dan UNAS ULA yang berijazah Negara. - Madrasah Diniyah Awaliyah (MDA)
Secara regular, jenjang pendidikan MDA ini ditempuh selama 3 tahun yang dikhususkan kepada santri/pelajar putra yang belum memenuhi kualifikasi untuk memasuki jenjang MDW (Madrasah Diniyah Wustha) Asshomadiyah. Dalam operasionalnya, para calon santri/pelajar yang akan memasuki jenjang MDA ini harus mengikuti tes penempatan (placement test) kelas sehingga mereka akan dapat belajar secara lebih efektif, jadi tidak harus 3 tahun penuh. Pada tahun terakhir, yakni kelas 6, semua santri wajib mengikuti ujian akhir madrasah dan UNAS ULA yang berijazah Negara. - Madrasah Diniyah Wustha (MDW)
Masa yang ditempuh pada jenjang MDW ini adalah selama 3 tahun (kelas 1, 2, dan 3) yang diasuh oleh para ustadz/alumni yang sudah berpengalaman. Jenjang MTs ini dapat diikuti oleh para santri/pelajar putra-putri yang sudah lulus SD dan atau memenuhi kualifikasi. Adapun target yang harus dicapai dalam penyelenggaraan kegiatan belajar-mengajar di MTs ini, selain para santri bisa membaca, menulis, dan menterjemah materi-materi dasar ilmu keislaman, khususnya fiqh (kajian hukum Islam) dengan baik dan benar sesuai dengan gramatika bahasa Arab, juga harus bisa mendeskripsikan (menguraikan) isi kitab kuning. Pada kelas terakhir, yakni kelas 3, semua santri wajib mengikuti ujian akhir madrasah dan UNAS WUSTHA yang berijazah Negara - MADRASAH DINIYAH ULYA (MDU)
Masa studi pada jenjang MDU Asshomadiyah ini ditempuh secara regular selama 3 tahun dan para santri/pelajar untuk dapat diterima di jenjang ini harus sudah menyelesaikan MDW dan atau memenuhi kualifikasi. Tenaga pengajar yang langsung menangani jenjang MDU ini adalah lulusan-lulusan terbaik sarjana (S.1) dan Pascasarjana (S.2-S.3) Perguruan Tinggi Islam yang sudah memiliki pengalaman studi di luar negeri (Canal Suez University Mesir), para alumni, lulusan pondok pesantren terkemuka, seperti PP. Tebuireng, PP. Tambakberas, PP. Denanyar Jombang, PP. Langitan Tuban, PP. al-Falah Ploso Kediri, dan lain-lain. Adapun target yang harus dicapai dalam penyelenggaraan kegiatan belajar-mengajar di MA ini, selain para santri bisa membaca, menulis, menterjemah, dan mendeskripsikan (menguraikan) materi-materi menengah ilmu keislaman, khususnya fiqh (kajian hukum Islam) dengan baik dan benar sesuai dengan gramatika bahasa Arab, juga harus bisa menganalisis (mencari intisari/esensi) isi kitab kuning. Pada kelas terakhir, yakni kelas 3 MA Asshomadiyah, semua santri wajib mengikuti ujian akhir madrasah dan UNAS penyetaraan PAKET C yang berijazah Negara.
EKSTRAKURIKULER
Pesantren ini memiliki Ekstrakurikuler sebagai berikut:
- Kajian kitab
- Berlatih Pidato (Mukhadoroh)
- Seni Baca Al-Qur’an (Tilawatil Qur’an)
- Balah atau Mengaji Bandungan Kitab Kuning (nyoret)
- Nariyahan
- Khitobahan (Ceramah/Pidato)
- Seni Kaligrafi
- Muhadatsah ( Belajar berbicara bahasa Arab & Inggris )
- Olahraga
- Beladiri
- Hadrah
- Drum Band
- Pramuka
- Komputer
- Istighotsah
- Ziarah Kubur
- Jurnalistik